L'évolution en cours semblait donc annoncer une convergence des travaux historiques, favorable à un accord sue les grandes lignes du sujet entre les historiens des deux pays. Mais elle fut perturbée par un événement imprévu, lié à la transformation soudaine de la vie politique algérienne par la libéralisation du régime politique algérien en 1989 et par la contestation croissante des islamistes.

C'est en 1990 que fut créée la Fondation du 8 mai 1945 par l'ancien ministre Bachir Boumaza, natif de Kherrata au nord de Sétif. Suivant l'un de ses premiers manifestes, celle-ci était « née dans un contexte politique dangereux. Celui de la révision insidieuse par certains nationaux, y compris dans les cercles du pouvoir, de l'histoire coloniale. Procédant par touches successives, certains hommes politiques ont, sous prétexte de 'dépasser' une page noire de l'histoire coloniale, encouragé la 'normalisation' des rapports entre l'ancienne puissance dominatrice et son ancienne colonie ». C'est pourquoi la Fondation s'est donnée pour objectifs de « réagir contre l'oubli et réanimer la mémoire, démontrer que les massacres de Sétif sont un crime contre l'humanité et non un crime de guerre comme disent les Français », pour « obtenir un dédommagement moral »  Ainsi, l'histoire a été mobilisée au service de la mémoire et de la politique au lieu d'être reconnue comme un but propre.

L'une des idées directrices de la Fondation est en effet d'interpeller la conscience des Français et des autres peuples européens qui « ne semblent s'indigner que sur l'holocauste commis contre les juifs. Cette ségrégation entre les massacres est une tare du monde occidental »  Bachir Boumaza constate : « On applique et on reconnaît le crime contre l'humanité à propos des juifs, mais pas aux Algériens, dont on oublie qu'ils sont des sémites ». Il présente son action comme un effort pour « décoloniser l'histoire et situer la colonisation dans l'histoire de l'humanité », « une tentative saine et correcte d'écrire l'histoire. Le phénomène colonial est porteur de certaines valeurs qui doivent disparaître. Elles ne le sont pas encore. Et son expression la plus réussie est ce terme de crime contre l'humanité qui est réservé à une catégorie spéciale de la population ». A son avis, la colonisation française en Algérie « présente, dans toutes ses manifestations, les caractéristiques retenues au tribunal de Nuremberg comme un crime

contre l'humanité » ; et il ajoute : « J'ai suivi le procès Barbie. Depuis 1830, l'Algérie a connu des multitudes de Barbie », lesquels n'ont pas été condamnés parce que leurs crimes contre des Algériens n'étaient pas considérés comme tels. On voit que l'histoire est ici totalement subordonnée à des motivations politiques extérieures au sujet.